Johan Jakob Tikkanen nimitettiin taidehistorian ja estetiikan dosentiksi vuonna 1884, samana vuonna kun hän väitteli aiheesta Der malerische Styl Giotto’s – Versuch zu einer Charakteristik desselben. Se oli ensimmäinen puhtaasti muotoanalyyttinen tutkimus italialaisen mestarin, Giotton, tuotannosta.

Fennomaanit eivät puolustaneet ainoastaan kieltä, vaan kansallista kulttuuria paljon laajemmassa mielessä. Tiettävästi ainoa aikalaiskirjoittaja, joka syytti Johan Jakob Tikkasta ruotsinmieliseksi, oli hänen oppilaansa Ludvig Wennervirta vuonna 1933 julkaisemassaan muistokirjoituksessa. Paremmin kuin ruotsinkielisyyteen, syytös saattoi lopulta liittyä siihen, ettei Tikkanen tutkijana ja opettajana keskittynyt suomalaiseen taiteeseen. Hän oli nimittäin alusta lähtien kiinnostunut taiteen historiasta kokonaisuudessaan.

Uransa alussa Johan Jakob Tikkanen antoi opetusta vain ruotsiksi, koska siitä oli niin koti- kuin koulutuskielenä muodostunut hänen varsinainen äidinkielensä, ja hän osasi sitä selvästi suomea paremmin. Vuoden 1894 alussa oli annettu asetus, jonka mukaan Helsingin yliopiston opettajien oli osoitettava kykynsä suullisesti ja kirjallisesti käyttää suomen kieltä, ja Tikkanen suoritti julkisen kielikokeen henkilökohtaiseen professuuriinsa liittyen vuonna 1896. Suomeksi luennoiminen tuotti kuitenkin vaikeuksia, ja koska kieliasetus ei varsinaisesti pakottanut opettamaan suomeksi, hän monien muiden ruotsinkielisten opettajien tavoin lykkäsi sen aloittamista ryhtyen siihen vasta vuonna 1907. Lukuvuodesta 1909–1910 lähtien hän opetti yhtä paljon molemmilla kotimaisilla kielillä.

Taidehistorian opetuskäyttöön hankittiin 1800-luvulla paitsi valokuvia ja planssiteoksia, myös merkittävä kokoelma antiikin ja renessanssin taideteosten kipsikopioita. Järjestelmällisen veistokuvakokoelman keräämisen oli aloittanut jo C. G. Estlander vuonna 1869 lähinnä antiikkiin liittyen. Kun kokoelmaa 1880-luvulla laajennettiin renessanssin taideteosten kopioilla, vastuu hankinnoista jäi Johan Jakob Tikkaselle.

1800-luvun lopun Eurooppa oli monella tapaa avoin kulttuuriympäristö – myös suomalaille. Tutkijat matkustivat paljon ja Johan Jakob Tikkasen kirjeenvaihdon pohjalta ei voi välttyä sellaiselta tunteelta, että kaikki pätevät tutkijat tunsivat tai ainakin tiesivät toisensa. Taidehistoria akateemisena tieteenalana oli tosin vielä suhteellisen pieni – vastasyntynyt – eikä aktiivisten toimijoiden määrä ollut kansainvälisestikään ajatellen suuri.

Johanna Vakkari on kirjoittanut tutkimuksissaan J. J. Tikkasen nuoruusvuosista ja valinnasta kuvataiteen ja taidehistorian välillä, Tikkasesta taidehistorian opettajana ja kansainvälisenä tutkijana sekä hänen arkistostaan. Näissä artikkeleissa Tikkasta on tarkasteltu hänen oman aikansa taiteen ja tieteen kontekstissa.