Johan Jakob Tikkanen nimitettiin taidehistorian ja estetiikan dosentiksi vuonna 1884, samana vuonna kun hän väitteli otsikolla "Der malerische Styl Giotto’s – Versuch zu einer Charakteristik desselben". Se oli ensimmäinen puhtaasti muotoanalyyttinen tutkimus italialaisen mestarin, Giotton, tuotannosta.

Henkilökohtaisen professuurin Tikkanen sai Keisarillisesta Aleksanterin Yliopistosta vuonna 1897, mutta varsinaisen vasta 1920, jolloin oppituoli perustettiin kamarineuvos Hjalmar Linderin lahjoittamien varojen turvin. Pitkän yliopistouransa aikana Tikkanen muokkasi taidehistoriasta Suomeen itsenäisen oppiaineen kansainvälisten esimerkkien mukaan. Eläkkeelle hän jäi 69-vuotiaana, vuonna 1926.

J. J. Tikkanen toimi aikana, jolloin fennomaanien ja svekomaanien väliset kielikiistat olivat voimakkaimmillaan. Vaikka hän oli poikkeuksellisen aktiivinen ja vaikutusvaltainen toimija Suomen tiede-, taide- ja kulttuurielämässä, hän pysyttäytyi poissa niin kielipuolueiden toiminnasta kuin politiikasta ylipäätään. Tämä on ymmärrettävää, kun muistaa hänen kaksikielisen kotitaustansa, sekä sen, että myös hänen ruotsinkielinen lähisukunsa oli osallistunut aktiivisesti suomenkielen aseman parantamiseen. Tikkasen isä, Kiuruvedeltä kotoisin ollut lehtimies Paavo Tikkanen (1823–1873), oli suomenkielinen ja maan varhaisimman suomenkielisen päivälehden, Suomettaren, päätoimittaja ja perustajajäsen. Tikkasen äiti Helena Tengström (1829–1857) kuului puolestaan vanhaan ja arvovaltaiseen ruotsinkieliseen sukuun. Äidin isä, Keisarillisen Aleksanterin Yliopiston filosofian professori Johan Jakob Tengström oli nuoresta lähtien kannattanut suomen kielen aseman parantamista.

Menetettyään molemmat vanhempansa varhain, Tikkanen kasvoi äitinsä suvun parissa ja sai koulu- ja yliopistosivistyksensä ruotsin kielellä. Hänen pääasiallisena kasvattajanaan oli isoisä J. J. Tengströmin toinen vaimo, Carolina Tengström, Fredrika Runebergin sisar. Tästä syystä perheen tuttavapiiriin liittyivät läheisesti myös kansallisrunoilija J. L. Runeberg sekä kuvanveistäjä Walter Runeberg, mutta myös monet muut maan keskeiset auktoriteetit kuten Z. Topelius ja J. V. Snellman. Tähän monipuoliseen suomen- ja ruotsinkieliseen perhetaustaan on liitettävä vielä erityisesti ne vaikutteet, joita Tikkanen sai tärkeimmältä yliopisto-opettajaltaan, estetiikan ja nykyiskansain kirjallisuuden professorilta, C. G. Estlanderilta (1834–1910). Kulttuuriruotsalaisuuden keulahahmona ja tärkeiden pohjoismaisten yhteyksiensä vuoksi tämä kannatti kaksikielistä Suomea, jossa kulttuuri olisi kehittynyt rinnakkain suomen- ja ruotsinkielisenä. Samaa näkemystä yhden kansan ja kahden kielen puolesta edusti myös Tikkanen. Hänen liberaali kielipoliittinen asennoitumisensa käy ilmi paitsi kirjeenvaihdosta myös aikalaislähteistä.