Humanism, bildning och forskning som livshållning är de ideal Pirjo Kukkonen bygger sin universitetsundervisning på. Kukkonen har varit intresserad av att utveckla universitetsundervisningen och forskarutbildningen sedan 1980-talets början med utgångspunkt bland annat i Johan Vilhelm Snellmans idé om ”studentens eget tänkande”, dvs. en forsknings- och problembaserad undervisning det som Snellman skriver om redan i boken Om det Akademiska Studium (1840, på finska).

Kukkonen har i sin utbildning i nordisk filologi, sedermera nordiska språk, bakom sig både en ämneslärarutbildning i svenska och en inriktning på översättning. Tidiga studier i vuxenpedagogik gjorde också att det svenskspråkiga läroämnet pedagogik och didaktik vid Helsingfors universitet blev ett viktigt startskott för hennes engagemang i universitets- och högskolepedagogik och -didaktik.

I början av 1980-talet satt Kukkonen med en liten men entusiastisk grupp kolleger och studenter och diskuterade universitetsutbildningen i riktning mot en problembaserad undervisning. Tanken var att forskning och undervisning ska stöda varandra, att studenten ska lära sig självständigt vetande. Så småningom skapades också en systematisk universitets- och högskolepedagogik vid Helsingfors universitet.

År 1992 gav Kukkonen tillsammans med sina studenter ut en handbok i vetenskaplig argumentation, Tänk! Skriv! Argumentera. En bok om hodegetik eller vägledning i de akademiska studierna. Inspirationen för boken var Snellmans tankar i Om det Akademiska Studium och hans begrepp ”hodegetik”, jfr meta hodos ’längs en väg’, dvs. om vägledning i de akademiska studierna. Boken finansierades av nämnden för utvecklandet av universitetsstudierna vid Helsingfors universitet och har använts som handbok i vetenskapligt skrivande och tänkande. Frågor som har att göra med utbildningens kvalitet har alltid varit centrala för Kukkonen vilket framgår av boken Laatua! Opiskelijan ja opettajan näkökulma: Helsingin yliopiston käännöstieteen laitoksen lukuvuosien 2001–2002 ja 2002–2003 opetuksen, opiskelun ja koulutuksen itsearviointi (2003). Pirjo Kukkonen (red.).

Att utveckla de humanistiska studierna är en högaktuell fråga i vår tid så som Martha C. Nussbaum skriver om universitetsutbildning och studier, t.ex. i Cultivating Humanity. A Classical Defense of Reform in Liberal Education ([1997] 2003) och i Not for Profit: Why Democracy Needs the Humanities (2010), i finsk övers. av Timo Soukola: Talouskasvua tärkeämpää. Miksi demokratia tarvitsee humanistista sivistystä (2011).

Den akademiska undervisningen och handledningen hör till de viktigaste områdena inom universitetet. Kukkonens pro gradu- och forskarseminarier i svensk översättning har byggt på idén om forskande lärande, om att söka och finna, om nyfikenhet, systematisk och kumulativ kunskap, dvs. problembaserat sökande efter kunskap som kumulerar i ny och innovativ kunskap. Med lång erfarenhet av undervisning och som handledare för ett stort antal såväl avhandlingar pro gradu som doktorsavhandlingar har den akademiska utbildningen – med den ständiga dialogen mellan undervisning och forskning – för Kukkonen varit det mest kreativa arbete med kunskapen som livsform man kan önska sig.