Wilhelm Lagus var prorektor och rektor för universitet i sammanlagt nio år. Denna period inföll under en bråd tid för Finland i och med bytet av kejsare samt bland annat Elias Lönnrots och J.V. Snellmans begravningar. Lagus fick ordna och delta i olika tillställningar minst en gång om året. Utöver de akademiska festerna i Finland var Lagus på plats i Moskva för att representera universitetet då kejsarparet kröntes och i S:t Petersburg där man firade att den blivande Nikolai II hade blivit myndig. I dag kommer man ihåg Lagus som festarrangör.

I egenskap av rektor förde Lagus Kejserliga Alexanders-universitetet i en mer internationell riktning genom att upprätthålla kontakten med olika universitet utanför Finland. Det handlade om såväl verkliga möten som brevväxling. Lagus deltog också på utländska universitets jubileumsfester och i vetenskapliga kongresser.

Särskilt tack vare det arbete som Lagus gjorde i kontakterna med det ryska hovet lyckades universitetet förbli en relativt autonom institution samt expandera. År 1880 adlades Wilhelm Lagus som tack för sina förtjänster och tre år senare tilldelades han dessutom titeln statsråd