Markku Kuisma har i sina akademiska forskningsprojekt satt fokus på makt- och affärseliters uppkomst och roll i samhällsförändringar. Kuisma kom in på temat i samband med projektet Elites and Social Change: Family Strategies and Networks of Power 1500–2000 som finansierades av Finlands Akademi och efterföljdes av projektet Business Elite: Roots and Roles in Modern Society. The Finnish case in the European context 1750–2000.

Det var kännetecknande för projekten att forskarna kombinerade olika sätt att närma sig saker och att de överskred gränserna för olika discipliner. Likaså granskades växelverkan mellan nationell-regional och global utvecklingsgång och det var allmänt att tillämpa den biografiska metoden som hjälpmedel.

Dessutom satsade man stort på att utbilda doktorer och ge forskare internationell erfarenhet. Det skrevs sammanlagt tolv doktorsavhandlingar inom de grupper som uppstod kring elitprojekten. Den första avhandlingen var Mirkka Lappalainens studie Suku, valta, suurvalta om släkten Creutz.

Forskningsprojekten med fokus på affärssläkterna Paloheimo och Serlachius, ledda av Markku Kuisma, vittnar om ett nytt uppsving för biografiforskningen. Det författades två koncisa biografier om industrialister från den sistnämnda släkten: Teemu Keskisarjas verk Vihreän kullan kirous (Siltala, 2010) och Oula Silvennoinens Paperisydän (Siltala, 2012).

De mest centrala av Markku Kuismas egna verk handlar om nyckelbranscherna för den moderna kapitalismen: gruv-, skogs- och oljeindustrin samt handelsbankerna. På samma gång granskar Kuisma sådana företag som en gång i tiden uppfattades som nationella institutioner, däribland Kansallis-Osakepankki, Neste och Outokumpu.

Verket Metsäteollisuuden maa: Suomi, metsät ja kansainvälinen järjestelmä (1993, ny upplaga 2006) beskriver Finlands ekonomiska och politiska utveckling som en del av Europa och världsekonomin.