Den 23 november 1837 meddelade docent Snellman att han följande måndag skulle börja föreläsa om den akademiska frihetens verkliga natur. Universitetets rektor Fredrik Wilhelm Pipping tillät dock inte honom att föreläsa om ett så känsligt ämne. Till följd av detta skrev Snellman en besvärsskrift till konsistoriet.

Konsistoriet fattade beslut om att inte blanda sig i saken, varefter Snellman skrev en ny anhållan. När detta inte heller ledde till något resultat, anhöll Snellman om tillstånd att låta trycka konsistoriets protokoll enligt vilket han förvägrades rätt att undervisa som docent. Därefter fick han höra att det inte fanns någon sådan anteckning och att hans anhållan förmodligen hade hamnat i rektorns papperskorg.

På grund av sitt upproriska beteende blev Snellman inkallad för tillrättavisning hos prokanslern, general Alexander Amatus Thesleff, som hotade att sända docenten till Sibirien. Snellman gav dock inte efter och försökte därnäst få tillstånd att låta trycka sina tilltänkta föreläsningar. Samtidigt blev universitetets ledning och Snellman oense också i en annan fråga.

Enligt Snellman var studenterna en del av universitetet och han ansåg att både studenterna och studentnationerna skulle åtnjuta en viss självständighet. Nationerna hade själva fått välja sina ledare, men nu ville konsistoriet utnämna Snellman till kurator för Pohjois-Pohjalainen Osakunta. Snellman vägrade och konstaterade att han enligt lag inte är skyldig att ta emot posten. Flera av professorerna vid konsistoriet instämde med Snellman, men enligt majoriteten hade han ingen fullgod orsak att vägra. Universitetets tjänsteförrättande kansler Robert Henrik Rehbinder sände konsistoriet ett brev som innehöll hård kritik mot Snellman:

”Att vilja redogöra för akademisk frihet för den studerande ungdomen vittnar om obetänksamhet som inte lämpar sig för en akademisk lärare. […] föreskrifterna kräver inga förklaringar, endast absolut lystring. Snellman […] har inte underordnat sig att följa rektorns beslut i saken, utan har tvärtom haft mod att överklaga det, trots att dylika beslut inte kan ändras.”

Trots stränga tillrättavisningar gick Snellman inte med på att ta emot tjänsten som kurator. I maj 1838 beslöt konsistoriet att föra saken inför rätta som en tjänsteförseelse. Universitetsombudet, vars uppgift var att föra saken till rätten, krävde en förklaring av Snellman. I sitt svar lät Snellman förstå att konsistoriet inte hade uppfattat vad universitetet i grund och botten är, utan misstog det för en skola. Efter uppläxningen intygade Snellman att han var medveten om att hans svar inte kunde leda till något gott och konstaterade att han bara har en tröst – nämligen att bli avvisad från universitetet. Snellman offrade alltså medvetet sin karriär vid universitetet för att försvara sin uppfattning om detsamma.

Många vid konsistoriet misstyckte dock i fråga om uppläxningen av Snellman, och saken fördes till rätten. Slutligen behandlades fallet i juni 1839 i Kejserlige Åbo Hovrätt, där det efter en omröstning fattades beslut om att döma Snellman till böter. Snellman var tvungen att lämna universitetet, men i Stockholm följande år publicerade han en text om sin egen uppfattning av universitetets grundläggande idé.

Källor:

• Juha Himanka: The University as a Community of Selves. Johan Wilhelm Snellman's ”On University Studies”, Higher Education 2012, s. 517–528.
• Juha Himanka: ”Kuka yliopistoa ohjaa? Yliopistoko itse koulun penkillä?”, i verket Timo Aarrevaara & Jatta Herranen (red.), Mikä meitä ohjaa?, 2005, s. 15–28.
• Matti Klinge: Ylioppilaskunnan historia I, 1967, s. 59–63. (”Snellman rettelöijänä”).
• Ilkka Niiniluoto: ”Akateeminen vapaus”, rektorns tal vid Helsingfors universitets öppningsceremoni 2004, i verket Dynaaminen sivistysyliopisto, 2011, s. 223–232.
• Thiodolf Rein: Juhana Vilhelm Snellmanin elämä: Edellinen osa, 1895, 113–126. (”Snellman sankarina”).