Humanismi, sivistys ja tutkimus elämänasenteina ovat ne ihanteet, joihin Pirjo Kukkonen nojaa yliopisto-opetuksessaan. Kukkonen on ollut kehittämässä yliopisto-opetusta ja tutkijakoulutusta 1980-luvun alusta lähtien muun muassa Johan Vilhelm Snellmanin ajatuksesta ”opiskelijan omasta ajattelusta”, eli tutkivaan ja ongelmakeskeiseen ajatteluun perustuvista yliopisto-opinnoista, kuten Snellman kirjoittaa jo kirjassaan Om det Akademiska Studium 1840, Akateemisesta opiskelusta.

Kukkosella on pohjoismaisen filologian, sittemmin pohjoismaisten kielten, koulutuksessaan takanaan niin aineenopettajakoulutus kuin suuntautuminen kääntämiseen. Opiskeluajan alkuvaiheen aikuiskasvatuksen opinnot ja toisen pääaineen ruotsinkielisen pedagogik och didaktik -opinnot Helsingin yliopistossa olivat astinlautoina hänen yliopisto- ja korkeakoulupedagogiikan ja -didaktiikan kiinnostukselleen.

1980-luvun alkupuolella Kukkonen pohti pienen mutta innostuneen opiskelijoiden ja kollegoiden ryhmän kanssa, miten yliopistokoulutusta voisi kehittää ongelmakeskeisemmäksi. Ajatuksena oli, että tutkimus ja opetus tukevat toisiaan vahvasti ja että opiskelija oppii itsenäistä ajattelua. Vähitellen Helsingin yliopistoon perustettiin myös systemaattinen yliopisto- ja korkeakoulupedagogiikka.

Vuonna 1992 Kukkonen toimitti opiskelijoittensa kanssa tieteellisen argumentaation käsikirjan Tänk! Skriv! Argumentera. En bok om hodegetik eller vägledning i de akademiska studierna. Inspiraationa oli juuri Snellmanin Om det Akademiska Studium, Akateemisesta opiskelusta ja hänen käsitteensä ”hodegetiikka”, ’ohjaustiede’, vrt. meta hodos ’tietä pitkin’, ts. ohjaaminen akateemisiin opintoihin. Kirja sai Helsingin yliopiston opetuksenkehittämisen rahoitusta, ja kirjaa on käytetty tieteellisen kirjoittamisen ja ajattelun oppikirjana. Opetuksen laatu on aina ollut Kukkoselle tärkeä, niin kuin esimerkiksi tästä kirjasta käy ilmi: Laatua! Opiskelijan ja opettajan näkökulma: Helsingin yliopiston käännöstieteen laitoksen lukuvuosien 2001–2002 ja 2002–2003 opetuksen, opiskelun ja koulutuksen itsearviointi (2003). Pirjo Kukkonen (toim.).

Humanististen opintojen kehittäminen on avainkysymyksiä ajassamme niin kuin Martha C. Nussbaum kirjoittaa kirjoissaan Cultivating Humanity. A Classical Defense of Reform in Liberal Education ([1997] 2003) ja Not for Profit: Why Democracy Needs the Humanities (2010), suom. Timo Soukola: Talouskasvua tärkeämpää. Miksi demokratia tarvitsee humanistista sivistystä (2011).

Akateeminen opetus ja ohjaus ovat yliopistotoiminnan pääasiallisia tehtäviä. Kukkosen pro gradu - ja ruotsin kääntämisen oppiaineen tutkijaseminaarit ovat perustuneet tutkivaan oppimiseen, uteliaisuuteen, keksimiseen, systemaattiseen ja kumulatiiviseen uuteen ja innovatiiviseen tietoon, ts. ongelmakeskeiseen tiedonetsimiseen ja uuden tiedon löytämiseen. Pitkä opetus- ja ohjauskokemus niin pro gradu -tutkielmien kuin väitöskirjojen ohjaajana on akateeminen koulutus, jossa toteutuu opetuksen ja tutkimuksen jatkuva dialogi. Tämä työ, jossa tieto on elämänmuotona, on ollut Kukkoselle kaikkein luovinta työtä, mitä ikinä on toivoa saattanut.