Kun Mikael Reuter työskenteli Helsingin yliopistossa (ja vähän sen jälkeenkin) hänen pääasiallinen tutkimusalueensa oli ruotsin kielen fonetiikka, erityisesti Helsingin ruotsin kielen ääntämistapa. Hän tutki ennen kaikkea vokaalilaatua sekä äänteiden ja tavujen kestosuhteita. Tutkimuksesta syntyi muun muassa julkaisematon lisensiaatintutkielma Kvantitet i Helsingforssvenskan (1982). Yliopiston assistenttina ja vierailevana luennoitsijana muissa yhteyksissä hän opetti ensisijaisesti ruotsin kielen äänneoppia.

Saatuaan työsuhteen Kotimaisten kielten tutkimuskeskuksessa vuonna 1976 Reuter ei juurikaan tehnyt akateemista tutkimusta. Poikkeuksena tähän oli lisensiaatintutkinnon viimeisteleminen. Sen sijaan hän on tehnyt soveltavaa tutkimusta suomenruotsin erityispiirteistä ruotsinruotsiin verrattuna.

Kotimaisten kielten tutkimuskeskuksen ruotsin kielen osaston johtavana kielenhuoltajana Reuter on työskennellyt huoltaakseen ruotsin kieltä ja parantaakseen sen asemaa Suomessa. Hänen tavoitteenaan on ollut, että sitä jatkossakin voisi käyttää kaikilla yhteiskunnan osa-alueilla. Kielenhuollossa on kyse paljon enemmästä kuin oikeakielisyydestä ja turhien fennismien välttämisestä. Nekin kysymykset ovat toki tärkeitä, varsinkin suomenruotsin kaltaiselle pienelle kielivähemmistölle.

Reuterille on ollut tärkeää myös muun muassa toimittajien ja kääntäjien kanssa tehty yhteistyö, sanakirjojen, käsikirjojen ja aikakauslehti Språkbrukin julkaiseminen, kielipalstojen kirjoittaminen, erilaiset kurssit ja seminaarit sekä pohjoismainen kieliyhteistyö.