Professor Dr. Jaakko Hämeen-Anttila hat sich in den letzten Jahren auf die Erforschung der Interaktion der nahöstlichen Kulturen konzentriert. In dem von ihm geleiteten Forschungsprojekt der Akademie von Finnland The Intellectual Heritage of the Ancient Near East wird eine Zeitspanne von über zweitausend Jahren erforscht, in der es verschiedene kulturelle Strömungen zwischen dem Nahen Osten und Griechenland gegeben hat.

In seinen neuesten Untersuchungen hat Hämeen-Anttila sich auf die Beziehung zwischen der persischen (im heutigen Iran) und arabischen Kultur besonders in Literatur und Geschichtsschreibung in den Jahren 500–1 000 n. Chr. konzentriert.

Die bedeutendsten Monografien von Hämeen-Anttila sind folgende: das im Jahr 2002 herausgegebene, 500 Seiten umfassende Buch Maqama, The History of a Genre (Harrasowitz), das die klassische arabische Literatur behandelt, und die im Jahr publizierte, ebenso umfangreiche Untersuchung über den Paganismus der frühen islamischen Ära The Last Pagans of Iraq. Ibn Wahshiyya and His Nabatean Agriculture (Brill).

Er arbeitet als Beiträger für viele wissenschaftlichen Enzyklopädien (z. B. Encyclopaedia of Islam, Brill; Encyclopaedia of the Bible and Its Reception, Walter de Gruyter) und er hat auch Artikel in anderen anerkannten Verlagen wie z. B. Oxford University Press, Routledge, Eisenbrauns und Peeters publiziert.