Obwohl Elias Lönnrot erst in der Schule Schwedisch lernte, hatte er am Ende so gute Sprachkenntnisse, dass er  in seinen Privatbriefen, in seinem Tagebuch und in seinen letzten Jahren auch mit der Familie sehr viel auf Schwedisch kommunizierte. Lönnrot widersetzte sich dem Gebrauch des Schwedischen in Finnland nicht, wenngleich er sich für die finnische Sprache einsetzte, indem er konkret den Nutzungsbereich des Finnischen ausdehnte. Bei der kontroversen Frage um das Verhältnis zwischen Finnisch und Schwedisch wollte Lönnrot sich nicht an den eigentlichen Auseinandersetzungen beteiligen. Er war einer der frühesten Befürworter der Zweisprachigkeit: Als er 1862 sein Professorenamt niederlegte, nahm er in seiner Abschiedsrede zu den Studenten auch zur Sprachfrage Stellung, indem er hervorhob, dass die Koexistenz des Finnischen und Schwedischen ein Glück für die Bildung und die Zukunft des Volkes darstelle.

Im Gegensatz zu seinen Zeitgenossen vertrat Lönnrot hinsichtlich der Sprache einen wenig puristischen Standpunkt. Beim Entwickeln der verschiedenen Terminologien vermied er Lehnwörter, aber er bevorzugte nach dem Vorbild der fremden Sprache gebildete Lehnübersetzungen. Er begründete die Vermeidung der Lehnwörter damit, dass Finnisch zu einer anderen Sprachfamilie gehört als die als Quellsprachen dienenden indoeuropäischen Sprachen. Bei der Entwicklung des Wortschatzes befürwortete Lönnrot die Verwertung der verschiedenen finnischen Dialekte und der mit dem Finnischen verwandten Sprachen. In seiner Korrespondenz diskutierte er viel über die Übersetzung der Fachterminologien, zum Beispiel über Geografie, Arithmetik und Grammatik. Solche Diskussionen führte er besonders mit einem anderen produktiven Wortschöpfer, Wolmar Schildt-Kilpinen.