Juha Janhunen a d’abord étudié les langues ouralo-altaïques ainsi que le japonais, avant de se consacrer à la géologie et la géophysique. En 1973, il entame sa carrière académique à l’université de Helsinki en tant qu’assistant de recherche en linguistique finno-ougrienne et soutient sa thèse sur les langues samoyèdes en 1986. En 1994, il devient professeur de langues et cultures d’Asie de l’Est et il est aujourd’hui responsable de l’ensemble des disciplines de recherches asiatiques au département des Cultures du Monde. Étudiant, Janhunen avait déjà fait des séjours prolongés en Hongrie et au Japon ; plus tard, il a été professeur invité dans nombre d’universités et centres de recherche japonais.