Juha Janhunen õppis alguses uurali ja altai keeli ning jaapani keelt, hiljem ka geoloogiat ja geofüüsikat. Ülikoolikarjääri alustas ta 1973. aastal soome-ugri keeleteaduse assistendina Helsingi ülikoolis. 1986. a kaitses väitekirja samojeedi keelte alal. Alates 1994. aastast on ta Ida-Aasia keelte ja kultuuride professor ning vastutab maailma kultuuride õppetoolis Aasia uuringute õppekava eest. Juba tudengina veetis ta pikemaid perioode Ungaris ja Jaapanis, hiljem on ta olnud külalisprofessor mitmetes Jaapani ülikoolides ja teadusasutustes.