Uran alkuvaiheessa Yrjö Kaukiaisesta tuntui, ettei hänen tutkimuksensa saanut kaikupohjaa kotimaassa.

–Ihmettelen kyllä vieläkin, miksi merihistoria nähdään usein jonain historian romanttisena reuna-alueena, jota ei tarvitse ottaa ihan vakavasti. Nykyisenä jatkuvasti kasvavan kansainvälistymisen aikana merihistoria tarjoaa kuitenkin erinomaisen näkökulman globalisaation syntyyn ja kehitykseen ja sen kautta voidaan valaista myös kulttuurien kohtaamisen sosiaalihistoriaa. Mikrotasolla se voi taas kertoa, miten tällaiset makroilmiöt ovat heijastuneet yksityisten ihmisten elämään.

Merihistoriassa kansainvälistyminen oli perusedellytys tutkimuksen tekemiselle, vaikka väitöskirjavaiheessa Suomen historiaa tutkivilla oli kontakteja lähinnä vain Ruotsiin. Ylirajainen yhteistyö on lisääntynyt huomattavasti Kaukiaisen uran aikana, mitä hän pitää myönteisenä. Kaukiaisen oma kansainvälinen toiminta liittyy ennen muuta kahteen tieteelliseen seuraan, Pohjoisten merien yhdistykseen (Association for the History of the Northern Seas, AHNS) sekä kansainväliseen merihistorian yhdistykseen (International Maritime Economic History Association, IMEHA) jonka talouspainotteisuus on viime vuosina liudentunut ja toiminta muuttunut monitieteisemmäksi.

Yrjö Kaukiainen toimi AHNS:n sihteerinä ja puheenjohtajana 1980-luvun jälkipuolella sekä IMEHAn varapuheenjohtajana ja puheenjohtajana 1990-luvulla useiden vuosien ajan sekä seuran julkaiseman tieteellisen aikakauskirjan International Journal of Maritime Historyn toimitusneuvostossa. Kaukiainen itse kuvaa omaa rooliaan sivustakatsojaksi, sillä aktiivisimmat toimijat tulivat Iso-Britanniasta ja Kanadasta.

Ulkomaiset kollegat painottavat kuitenkin Kaukiaisen tieteellistä merkittävyyttä merihistorian tutkimuksen kansainvälisillä vesillä. Esimerkiksi Glasgow’n yliopiston professori Hugh Murphyn mukaan Kaukiainen on yksi johtavia tutkijoita, mutta myös yksi vaatimattomimmista. Nuorempaa tutkijasukupolvea edustava professori Stig Tenold (Norwegian School of Economics) hehkuttaa Kaukiaisen tieteellisen työn laatua ja laajuutta. Tenoldin mukaan Kaukiainen on onnistunut yhdistämään mikrotason tutkimusta laajempiin kysymyksiin vaikuttavalla tavalla. ”Kaukiaisen ansiosta suomalaisen merihistorian painoarvo on paljon suurempi kuin mihin maan merenkulun merkitys antaisi aihetta”, Tenold toteaa.