Yrjö Kaukiaisen kiinnostuksen kohteena on ollut suomalaisen merenkulun historia osana globaalia taloutta. Kaukiaisen mukaan hänen tärkeimpiä töitään ovat uusimmat englanninkieliset artikkelinsa, jotka käsittelevät maailman merikuljetusten, rahtimarkkinoiden ja kuljetuskustannusten kehitystä 1800-luvun jälkipuolelta nykypäiviin.

Luonteeltaan toisenlaisia hankkeita ovat olleet paikallishistoriat, viimeisimpinä Viipurin läänin historia ja Kymenlaakson historia.

—Ne olivat intensiivisiä ja mielenkiintoisia projekteja, sillä niissä oli monta kirjoittajaa, joiden kanssa yhteistyö sujui yleensä erittäin hyvin – vaikka ehkä joukkoon mahtui muutama harva poikkeuskin.

Yrjö Kaukiainen ei peittele tyytyväisyyttään eläkepäiviin, tutkimiseen on ollut aikaa kunnolla vasta kun on jäänyt professorin virasta pois. Varsinkin laitoksen esimiehenä ja johtajana toimiminen hajotti ajankäyttöä niin, että tutkimustyöhön ei tahtonut löytyä riittävästi aikaa.

Taloushistorian historian professuurin kaudelta ovat peräisin Kaukiaisen pääteoksina pidetyt Sailing into Twilight ja History of Finnish Shipping. Niiden pohjalta ilmestyi vuonna 2008 suomenkielinen yleisesitys Ulos maailmaan! Suomalaisen merenkulun historia.

Purjelaivat maailman meriltä syrjäyttänyt höyryvoiman käyttöönotto on yksi merkittävimpiä muutoksia maailman merihistoriassa. Tämä muutos on keskeisimpiä kysymyksiä myös Yrjö Kaukiaisen tuotannossa. Kaukiaisen pääteokset käsittelevät historiaa makrotasolta, mutta suomenkielisissä teoksissa hän on tarkastellut myös mikrotasoa.

Mikrotasolla liikkuvia ja tekijälleen mieluisimpia kirjaprojekteja ovat olleet Laiva Toivo, Oulu ja Rantarosvojen saaristo.

—Molempien kirjoittaminen oli mukavaa ja tuntui lähinnä harrastukselta.

Hän kertoo muistavansa selkeästi, miten mielenkiinto Toivo-laivaa kohtaan heräsi.

—Olin juuri saanut uuden purjeveneen valmiiksi ja olimme lähdössä purjehdusreissulle länteen. Vaimoni Pirkko löysi alennusmyynnistä merimieslauluja sisältävän C-kasetin, joka pakattiin mukaan. Matkalla Utöstä Gotlantiin kuuntelimme Toivon oloja kritisoivaa laulua ja totesimme, että tässä ei ole merimiesromantiikkaa vaan kysymyksessä on todellinen protestilaulu.

Kaukiainen alkoi penkoa Toivoon liittyvää asiakirja-aineistoa ja tuloksena on suosittu teos, joka oli Tieto-Finlandia -ehdokkaana 1999.