Wilhelm Lagus toimi yliopiston vararehtorina ja rehtorina yhteensä yhdeksän vuoden ajan. Ajankohta osui Suomen kannalta historiallisesti tapahtumarikkaaseen ajanjaksoon keisareiden vaihtuessa ja muun muassa Elias Lönnrotin ja J.V. Snellmanin hautajaisten sattuessa juuri tuohon aikakauteen. Lagus pääsikin järjestelemään ja osallistumaan erilaisiin tilaisuuksiin vähintään kerran vuodessa. Suomenmaalla tapahtuneiden akateemisten juhlien lisäksi Lagus edusti yliopistoa myös Moskovassa, jossa juhlittiin keisariparin kruunajaisia, sekä Pietarissa, joka toimi tulevan Nikolai II täysikäiseksi tulon juhlan näyttämönä. Lagus muistetaankin ”juhlien järjestäjänä”.

Rehtorina Lagus vei Keisarillista Aleksanterin Yliopistoa myös kansainvälisempään suuntaan pitämällä yhteyksiä yllä eri yliopistoihin Suomen ulkopuolella. Kyse oli niin tapaamisten kautta käytävästä yhteydenpidosta kuin kirjeitse. Lagus kävi ulkomaisten yliopistojen merkkivuosijuhlissa ja osallistui tieteellisiin kongresseihin.

Erityisesti Venäjän hovin suuntaan tekemänsä työn ansiosta yliopisto onnistui pysymään suhteellisen itsenäisenä instituutiona ja laajentumaan. Wilhelm Lagus sai ansioistaan kiitoksena aatelisarvon vuonna 1880 ja vielä kolme vuotta myöhemmin valtioneuvoksen arvonimen.