Jakob Johan Wilhelm Lagus syntyi Turussa vuonna 1821. Kotikaupunkinsa ilmapiiri ja isänsä työnkuva yliopistolla, ensin apulaisena ja myöhemmin professorina, ohjasivat Lagusta tieteelliselle uralle.

Ennen kirjautumistaan yliopistolle Lagus kävi koulua aikansa tunnettujen oppineiden johdolla. 1830-luvulla hänen opettajanaan toimi Georg August Wallin. Viimeisimpänä vuosina ennen yliopistoon siirtymistä hän muutti Porvooseen ja opiskeli Porvoon lukiossa vanhan perhetutun, Johan Ludvig Runebergin johdolla. Porvoossa hän suoritti myös yliopistotutkintonsa. Yliopistolla hän luki ajan tyyliin useita erilaisia aineita muun muassa klassisia kieliä (latinaa ja kreikkaa), arabiaa, hepreaa, historiaa, kirjallisuutta ja estetiikkaa. Lagus valmistui kandidaatiksi yliopistolta 1844 ja jo muutaman vuoden päästä hänestä tuli ultimustohtori.

Lagus työskenteli opiskeluaikana yliopiston kirjastossa apulaisena, mutta tämän pidemmälle hän ei meinannut yliopistolla päästä. Vuonna 1848 hän haki Kreikan ja Rooman kirjallisuuden apulaisen virkaa, mutta ei saanut. Myös kaunopuheisuuden ja runousopin professorin virka jäi haaveeksi. Hän kuitenkin sai rahaa yliopistolta tieteellisiä tutkimusmatkoja varten. Mustanmeren alueelle ja Itävaltaan sijoittunut tutkimusmatka kesti yhteensä neljä vuotta, minkä aikana Lagus perehtyi alueen skyytteihin tarkoituksenaan yhdistää antiikin Kreikka ja muinaiset suomalaiset. Tutkimusmatkan tulokset Lagus julkaisi usealla eri kielillä ja eri teoksina. Vaikka Laguksen lähtökohta voi tuntua kummalliselta nykysuomalaiselle, oli hänen tutkimuksensa sisältö monin paikoin aikaansa edellä. Hän muun muassa kiinnitti huomiota nuolenpääkirjoitusten käyttöön lähteenä.

Laguksen epäonni yliopiston viroissa näytti jatkuvan. 1850-luvulla tuli hieman yllättäen hakuun Itämaiden kirjallisuuden professuuri. Siitäkin huolimatta, että Lagus teki tätä hakua varten tutkimuksen turkin kielen aihepiiristä. jäi häneltä tämäkin virka saamatta. Laguksen onni kääntyi hieman traagisen tapahtuman: kilpailun professuurista voittanut Kellgren kuoli syksyllä 1856, minkä aiheuttaman ketjureaktion seurauksena Lagus vihdoin ja viimein valittiin professoriksi aikaisemman hakemuksen pohjalta. Kymmenen vuotta myöhemmin hänet valittiin hoitamaan myös Kreikan kirjallisuuden professuuria.

Tutkijana hän suuntautui aluksi kieliin, erityisesti arabiaan ja persiaan, jotka kuuluivat itämaiden kirjallisuuden professorin alaisuuteen. Hän julkaisi kieliopit kummastakin kielestä. Myöhemmin hänen tutkimuskiinnostuksensa keskittyi vahvemmin kotimaan kamaralle oppi- ja kulttuurihistoriaan sekä aatelin tilojen omistukseen.

Jäätyään eläkkeelle professuurista, Lagus jatkoi kirjoittamista ja osallistui aiempaa ahkerammin erilaisten tiede- ja taideseurojen toimintaan. Svenska litteratursällskapetin toiminnassa hän oli mukana alusta lähtien ja seuran kautta hän sai julki monia tuotoksiaan muun muassa Turun akatemian ylioppilasmatrikkelin, joka oli tuhoutunut Turun palon yhteydessä 1827. Viimeisinä vuosina hän muutti Lohjalle, mikä vaikeutti seurojen toimintaan osallistumista. Wilhelm Lagus kuoli Lohjalla vuonna 1909.