Vuodet 2014 ja 2015 ovat olleet myrskyisiä sekä professori Honkelan elämässä että yhteiskunnallisesti. Yksi maailman kokeneimmista neurokirurgeista, Helsingin yliopiston professori Juha Hernesniemi leikkasi Timo Honkelan aivojen näköaivokuorelta löydetyn kasvaimen joulukuussa 2014. Leikkaus onnistui hyvin ja niinpä Honkela pystyi palaamaan työhönsä syksyllä 2015.

Rehtori asetti vuonna 2014 VISIO400-ryhmän kartoittamaan yliopiston näkymiä 25 vuoden tähtäimellä. Honkela nimitettiin ryhmän jäseneksi, jossa tehtävässä hän on ollut harrastuneisuuttaan aktiivinen sairasloma-aikanakin. Dekaani Anna Maurasen johtama VISIO400-ryhmä luovutti raporttinsa rehtori Jukka Kolalle syyskuussa 2015. Tämän jälkeen ryhmä on ollut aktiivinen esimerkiksi valmistelemalla Honkelan aloitteesta kannanoton, jossa korostetaan yliopistojen tutkimuksen ja opetuksen tärkeää yhteiskunnallista asemaa. Honkela on ollut mukana yliopistotasoisissa strategisissa keskusteluissa tultuaan vuonna 2014 valituksi yliopistokollegion jäseneksi. Vuonna 2014 Honkela osallistui työryhmätyöskentelyyn, missä muotoililtiin yliopistolle datapolitiikan periaatteet.

Vuosien mittaan Timo Honkela on toiminut erilaisissa vastuullisissa tehtävissä tieteellisissä yhdistyksissä. Näihin aiempiin tehtäviin kuuluvat esimerkiksi puheenjohtajuus Suomen tekoälyseurassa, varapuheenjohtajuus Suomen kognitiivisen kielitieteen yhdistyksessä, johtokunnan jäsenyys European Neural Networks Society'ssä ja jäsenyys Tieteessä tapahtuu -lehden toimituskunnassa. Viimeksi mainitussa tehtävässä Honkela oli aloitteellinen Tieteen kohtaamisia -kirjoitussarjan perustamiseksi.