Axplock ur Rainer Knapas publikationer:

• Pyhtään kirkko  = Pyttis kyrka, 1969.
• Ruotsinsalmi – Kyminlinna. Fästningsbyggnadskonst och militärsamhälle 1791–1810, 1970.
• Lappeenrannan linnoitus. Rakennushistoria ja säilyneet rakennukset. Alustava selvitys, 1976.
• Industrialisering och urbanisering i sydöstra Finland, redaktör, 1977.
• Jordbrukets mekanisering i Vasatrakten 1870–1890. En innovationsstudie med exempel från Petalax kommun, 1977.
• Suomen kansallisoopperan talo = Finlands nationalopera operahuset = The Finnish National Opera house, medförfattare, 1979.
• Militärarkitekturen i Gamla Finland 1743–1808, 1981.
• Ur armod och ur ödemark, redaktör, 1982.
• Ars universitaria, 1640–1990. Arkitekturritningar och möbler ur Helsingfors universitets samlingar, medförfattare, 1990.
• Universitas Helsingensis 350. Past and present 1640–1990, redaktör, 1990.
• Självständighetens metaforer – Finland 1917–1918, 1992.
• Historiallisia kuvia. Suomi vanhassa grafiikassa, medförfattare, 1993.
• Boken om vårt land 1996. Festskrift till professor Matti Klinge, redaktör, 1996.
• Resan till Italien. Gustaf Mauritz Armfelts resedagbok 1783–1784, redaktör, 1997.
• Matti Klinge et al., Helsingin Yliopisto 1640-1990, I-III, medförfattare och redaktör, även på svenska: Helsingfors Universitet 1640-1990, I-III, 1998-1991.
• Finlands svenska litteraturhistoria I-II, 1999-2000, medförfattare och redaktör för del I, bildredaktör för del I-II.
• Suomen kulttuurihistoria 2. Tunne ja tieto. Utg. tills. med Nils Erik Forsgård 2002.
• Vandraren. Reseberättelser från Karelen 1828–1842. Elias Lönnrot, utgivna av Rainer Knapas, 2002.
• Monrepos. Ludwig Heinrich Nicolay och hans värld i 1700-talets ryska Finland, 2003.
• Albert Edelfelt och Ryssland. Brev från åren 1875-1905, utg. tills. med Maria Vainio, 2004.
• Idyll och hjältemod. J. L. Runeberg i bokkonsten, 2004.
• Monrepos. Ranskalaisen kulttuurin pohjoinen keidas, 2008, även på franska: Monrepos. Un Arcadie des Lumières, 2008.
• Zacharias Topelius, Finland framställdt i teckningar, utg. tills. med Jens Grandell, 2011.
• Kunskapens rike. Helsingfors universitetsbibliotek – Nationalbiblioteket 1640-2010, 2012, även på finska: Tiedon valtakunnassa. Helsingin yliopiston kirjasto – Kansalliskirjasto 1640-2010.

Utöver dessa bland annat:

• Artiklar och recensioner i Historisk Tidskrift för Finland
• Kolumner i tidskriften Ny Tid