Som forskare och lärare i inhemsk litteratur hör det till arbetet att vara aktiv inom organisationer som främjar litteraturens status och bidrar till produktion och spridning av och lagrande av information om litteratur. Det viktigaste verksamhetsfältet, utöver den professionella organisationen Sällskapet för litteraturforskning i Finland, är därmed Finska Litteratursällskapet (SKS).

Inom Sällskapet för litteraturforskning i Finland har Pirjo Lyytikäinen varit chefredaktör för årsboken, sällskapets styrelsemedlem och ordförande samt suttit i redaktionsrådet och varit referee för tidskriften Avain. Hon har också haft många förtroendeuppdrag inom SKS, under de senaste åren främst inom sällskapets litteraturdelegation. Hon är en av de mest långvariga skribenterna vid SKS:s förlag. SKS har publicerat alla Lyytikäinens monografier, men hon har också redigerat många av förlagets böcker och bedömt manuskript.

Att delta i verksamheten för den internationella organisationen för komparativ litteraturvetenskap Comparative Literature Association (ICLA) är också en del av Lyytikäinens arbete. Hon deltar i organisationens långvariga projekt History of  Nordic Literary Cultures, där de nordiska skriftkulturernas drag kartläggs. Därtill har Lyytikäinen suttit i föreningens styrelse.

Professor Lyytikäinen föreläser och undervisar också utomlands. Hon har exempelvis undervisat i finsk litteratur på tyska vid flera tyska universitet. Därtill har hon hållit ett flertal föreläsningar för inbjudna gäster med finsk och nordisk litteratur som tema.

Då Lyytikäinen ledde den riksomfattande forskarskolan i litteraturvetenskap 2007–2013, undervisade hon i internationella sammanhang, vilket skapade bestående kontakter till universiteten i Bergamo, Stockholm, Giessen och Lissabon, men också till andra europeiska universitet tack vare HERMES-nätverket. Senast undervisade Lyytikäinen en mästarklass på en sommarskola ordnad av Lisbon Consortium.  

Vid sidan av mångahanda vetenskapliga bedömningsuppdrag (genom Finlands Akademi och olika stiftelser) har Lyytikäinen bedömt skönlitterära ansökningar vid Alfred Kordelins stiftelse.