Martti Pärssinen är hedersmedlem (académico honorario) vid historiska akademin i Bolivia. Han har också arbetat som expert bland annat vid Europeiska forskningsrådet (ERC), Centre national de la recherche scientifique (CNRS) i Frankrike, Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONISYT) i Chile, Universität Bonn och Université Sorbonne Nouvelle (Paris III). Dessutom är han en efterfrågad referentgranskare för vetenskapliga publikationer inom sitt eget område. Pärssinen har också varit verksam i flera forskningsråd vid internationella konferenser i Latinamerikaforskning och därtill koordinerat symposier i sitt ämne.

Under åren 2004–2007 var professor Pärssinen vice ordförande för Consejo Europeo de Investigaciones Sociales de América Latina (CEISAL), paraplyorganisationen för Latinamerikaforskning. Han har också tilldelats ett diplom av Bolivias kongress, hedersmedborgarskap (huésped distinguido) i staden La Paz i Bolivia och en medalj av Interpol. I mars 2015 lyckades Pärssinens forskningsgrupp övertala myndigheterna i Brasilien att nominera en försvunnen civilisations två tusen år gamla geoglyfer, som upptäckts i delstaten Acre, till UNESCO:s världsarvslista. Detta anser Pärssinen själv vara en av de mest betydande bland hans insatser på senaste tiden.

Pärssinen har arbetat för att utöka samarbetet mellan Finland och spanska och portugisiska länder såväl inom vetenskapens och kulturens som näringslivets områden. Han har främjat detta samarbete bland annat som direktör för Finlandsinstitutet i Madrid och som styrelseordförande för Iberisk-amerikanska stiftelsen som numera bedriver institutets verksamhet. Stiftelsen har utvecklat nätverket av ombud i Latinamerika och grundat en avdelning i Buenos Aires.

År 2012 var Pärssinen verksam som undervisnings- och kulturministeriets utredningsman och utarbetade tillsammans med Eeva Sippola en proposition för ministeriet om att utveckla Finlands utbildnings-, vetenskaps- och kultursamarbete i Latinamerika och Karibien.