Johan Richard Danielsons forskarbana inleddes officiellt på 1870-talet, då han skrev tre doktorsavhandlingar: sin doktors-, docent- och professorsavhandling. I var och en av dem fokuserade han på ett nytt ämne och nya geografiska områden. Professorsavhandlingen var den mest omfattande och behandlade engelsk ekonomisk historia under flera århundraden. Danielsons avhandlingar, precis som hans övriga, senare verk, blev uppskattade i synnerhet för förtjänstfullt källarbete, och blev också internationellt uppmärksammade. För sina avhandlingar hade Danielson besökt flera bibliotek och arkiv runtom i Europa.

Professorsavhandlingen hjälpte honom att få professuren vid Kejserliga Alexanders-universitetet då Zacharias Topelius gick i pension år 1880. Danielson konkurrerade med M.G. Schybergson om professuren. Uppenbarligen var det professor Yrjö Sakari Yrjö-Koskinens tillstyrkande utlåtande om Danielsons avhandling och hans negativa utlåtande om Schybergsons arbete som avgjorde valet till förmån för Danielson. Tvisten mellan kandidaterna har ansetts vara mera av en språkpolitisk kamp än en tronföljdsstrid i den vetenskapliga världen.

Tyskland blev i slutet av 1800-talet ett av de ledande länderna inom vetenskapligt historieskrivande. Vetenskapsgrenen, som grundar sig på sträng källkritik, nådde äntligen upp till samma nivå som naturvetenskaperna.   Historieforskarna utvidgade djärvt sin forskning till att omfatta alltmer ekonomiska, sociala och kulturella fenomen. I synnerhet ekonomiska och sociala fenomen intresserade Danielsons lärofäder Gustav von Schmoller och Karl Bücher liksom Danielson själv.

Danielsons mål var att öka vetenskapligheten i den finländska historieforskningen. Enligt hans uppfattning släpade den finländska historieskrivningen efter i jämförelse med den tyska, vilken han beundrade stort. I Tyskland hittade Danielson inte bara vetenskapsfilosofi utan också den seminarieform som var hans pedagogiska metod. Han uppmanade sina studenter att studera i Tyskland, och att sprida information om nya trender i Finland. Danielson själv hade inte i ett senare skede tid att besöka Tyskland. Hans forskningsintressen hade också allt starkare förskjutits till Finland och utvecklingen av dess nationella identitet.

Danielson började allt mer inrikta sig på den politiska världen under 1880-talet.  Framförandet av politiska åsikter i den vetenskapliga framställningen väckte kritik. Han beskylldes för att vara tendentiös i valet av källor och för att införa politik i historievetenskapen. Speciellt mycket kritik fick hans  statsvetenskapliga förhållningssätt. Enligt kritikerna hade historievetenskapen sina egna metoder att använda. Studenterna minns dock Danielson som en flitig och hårt arbetande forskare och lärare, som hjälpte eleverna också när han hade som mest bråttom.

Källor:

•  
• Jukka Tervonen, "J.R. Danielson-Kalmari. Historiantutkija ja opettaja”. Ab Gummerus tryckeri: Jyväskylä, 1991.
• Vesa Vares, "Danielson-Kalmari, Johan Richard". Webbpublikation, nationalbiografi. Läst 6.11.2014.
• Wikipedia, ”Danielson-Kalmari”. Webbplatsen Wikipedia. Läst 6.11.2014.
• Historiallisia humanisteja-verkkosivusto ”Johan Richard Danielson-Kalmari”. Läst 6.11.2014.