Zu Beginn seiner Karriere betrieb Prof. Dr. Gothóni Feldforschung unter buddhistischen Mönchen in Sri Lanka. Im Jahr 1982 promovierte er über die Lebensweise der Theravāda-Mönche. Der einzigartige Klosterstaat des Heiligen Berg Athos mit seinen Wallfahrtszielen bot seinem Interesse gegenüber Klöstern ein ausgezeichnetes Vergleichsobjekt.

Über die Welt des Athos hat René Gothóni neben mehreren wissenschaftlichen Arbeiten und Artikeln auch das belletristische Werk Tuntematon pyhiinvaeltaja (The Unknown Pilgrim) verfasst. Im Zusammenhang mit seinen empirischen Forschungsarbeiten in zwei ganz unterschiedlichen Kulturen musste sich Prof. Dr. Gothóni mit den Grundlagen der philosophischen Hermeneutik vertraut machen und sich erkenntnistheoretischen Fragen der Wissenschaft widmen. Diese beiden Zweige der Philosophie thematisiert er in seinem Buch Words Matter. Hermeneutics in the Study of Religions. Zurzeit bereitet er ein Forschungsprojekt über Versuchungen vor, das auf der Tradition und Erfahrung der Athos-Mönche, Versuchungen zu widerstehen, basiert.