Tutkimusprojekteja:

• “Recreating belongingness: Neotraditionalism in the Multireligious Russian North”, osa “New Religious Movements in the Russian North: Competing Uses of Religiosity after Socialism”, Euroopan tiedesäätiön Eurocoresin BOREAS-ohjelma. 2006–2009
• “The Other Russia. Cultural Multiplicity in Making”, Suomen akatemian rahoittama tutkimushanke, Projektijohtaja 2004–2007
• “Myth, History and Society. Ethno/Nationalism in the Era of Globalisation”, Suomen akatemian rahoittama tutkimushanke, Projektijohtaja 1999–2004
• “Folklore, Heritage Politics and Ethnic Diversity”. Pohjoismainen tutkimushanke, Suomen koordinaattori, Nos-H:n ja NorFa:n rahoittama projekti 1998–2001
• “Ethnic Traditions and the Crisis of the State (Russia)”, Helsingin yliopiston rahoittama kansainvälinen tutkimushanke, Projektijohtaja 1996–1999
• “Mythology of the Uralic Peoples”, Suomen akatemian rahoittama kansainvälinen tutkimushanke, Projektijohtaja 1993–1996
• “Kalevala epic”, Joensuun yliopiston Karjalan tutkimuslaitoken ja Karjalan tiedekeskuksen rahoittama tutkimushanke, Ohjaaja 1983–1987, Puheenjohtaja 1988–1993.
• Nordic Institute of Folklore, etnolääketieteellinen tutkimushanke (osallistujia Kööpenhaminan, Tukholman, Bergenin ja Helsingin yliopistoista) 1974–1980.

Kirjoja:

• Itämerensuomalaisten mytologia, SKS, Helsinki 2012.
• A.-L. Siikala & O. Ulyashev, Hidden Rituals and Public Performances. Traditions and Belonging among the Post-Soviet Khanty, Komi and Udmurts, Studia Fennica 19, SKS, Helsinki 2011.
• A.-L. Siikala & J. Siikala, Return to Culture. Tradition and Society in the Southern Cook Islands, FF Communications 287, Academia Scientiarum Fennica, Helsinki 2005.
• I. Sava, P. Niemeläinen & A.-L. Siikala, Neule tarinana eli kettu viidakossa. Analyysi Anna Maria Viljasen neuleitten symbolisesta merkityksestä, Yliopistopaino, Helsinki 1995.
• A.-L. Siikala & M. Hoppál, Studies on Shamanism, Ethnologica Uralica 2, Akadémiai Kiadó ja Suomen antropologinen seura, Budapest 1992.
• Suomalainen šamanismi. Mielikuvien historiaa, Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 565, Helsinki 1992. (eng. Mythic Images and Shamanism. A Perspective into Kalevala Poetry, FF Communications 280, Helsinki 2002)
• Tarina ja tulkinta. Tutkimus kansankertojista, Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran toimituksia 404, Helsinki 1984. (eng. Interpreting Oral Narrative, FF Communications 245, Helsinki 1990)
• B. G. Alver, B. af Klintberg, B. Rørbye & A.-L. Siikala, Botare, en bok om etnomedicin i Norden, NIF Publications No. 8, LTs förlag, Stockholm 1980. (suom. Parantamisen taitajat, Kirjayhtymä, Helsinki 1982)
• The Rite Technique of the Siberian Shaman, FF Communications 220, Academia Scientiarum Fennica, Helsinki 1978.
• Johdatusta suomen kielen fraseologiaan, Suomi 115:4, Helsinki 1971.

Toimitettuja teoksia:

• Frog, A.-L. Siikala & E. Stepanova (toim.), Mythic Discourses. Studies in Uralic Traditions,  Studia Fennica Folkloristica 20, Helsinki 2012.
• A.-L. Siikala, V. Napol’skikh, M. Hoppál (toim.), The Encyclopaedia of Uralic Mythologies. Volume IV. Selkup Mythology, Budapest & Helsinki 2009.
• A.-L. Siikala, V. Napol’skikh & M. Hoppál (toim), The Encyclopaedia of Uralic Mythologies. Volume III. Mansi Mythology, Budapest & Helsinki 2008.
• A.-L. Siikala, V. Napol’skikh & M. Hoppál (toim), The Encyclopaedia of Uralic Mythologies. Volume II. Khanty Mythology, Budapest & Helsinki 2006.
• A.-L. Siikala, B. Klein & S. Mathisen (toim), Creating Diversities. Folklore, Religion and the Politics of Heritage, Studia Fennica Folkloristica 14, Helsinki 2004.
• A.-L. Siikala, L. Harvilahti & S. Timonen, Kalevala ja laulettu runo, Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran Toimituksia 958, Helsinki 2004.
• A.-L. Siikala, V. Napol’skikh & M. Hoppál (toim.), The Encyclopedia of Uralic Mythologies. Volume I. Komi mythology, Budapest & Helsinki 2003.
• A.-L. Siikala (toim.), Myth and Mentality. Studies in Folklore and Popular Thought, Studia Fennica Folkloristica 8, Helsinki 2002.
• P. J. Anttonen, A.-L. Siikala, S. R. Mathisen & L. Magnusson (toim.), Folklore, Heritage Politics and Ethnic Diversity. A Festschrift for Barbro Klein, Botkyrka 2000.
• M. Vasenkari, P. Enges & A.-L. Siikala (toim.), Telling, Remembering, Interpreting, Guessing. Prof. Annikki Kaivola-Bregenhøj on her 60th Birthday 1st February 1999, Kultaneito 111, Scripta Aboensia 1, Studies in Folkloristics, Joensuu 2000.
• N. G. Holm (päätoim.), H. Kilpeäläinen, R. Pulkkinen, V. Anttonen, I. Pyysiäinen & A.-L. Siikala (toim.), Ethnography is a Heavy Rite. Studies of Comparative Religion in Honor of Juha Pentikäinen. Religionsvetenskapliga skrifter, No 47, Åbo 2000.
• J. Handoo & A.-L. Siikala (toim.), Folklore and Discourse, Mysore 1999.
• J. Pöysä & A.-L. Siikala (toim.), Amor, Genus & Familia. Kirjoituksia kansanperinteestä, Helsinki 1998.
• A.-L. Siikala & J. Pöysä (toim.), Amor, Genus & Familia. Kirjoituksia suullisen perinteen ja kansankulttuurin alalta, Elektroloristi 1/1997, (sähköinen julkaisu: http://cc.joensuu.fi/ ~loristi/1_97/sis197.html). Joensuu 1997.
• A.-L. Siikala & S. Vakimo (toim.), Songs beyond the Kalevala. Transformations of Oral Poetry, Studia Fennica Folkloristica 2, Helsinki 1994.
• R. Kvideland, G. Herranen, P. Laaksonen, A.-L. Siikala & N. Storå (toim.), Folklore Processed. In Honour of Lauri Honko on his 60th Birthday, 6th March 1992, Studia Fennica Folkloristica 1, Helsinki 1992.
• A.-L. Siikala (toim.), Studies in Oral Narrative, Studia Fennica 33, Helsinki 1989.

Näiden lisäksi (kesäkuuhun 2015 mennessä):

• 24 artikkelia vertaisarvioiduissa aikakausjulkaisuissa ja vuosikirjoissa
• 7 artikkelia muissa aikakausjulkaisuissa ja vuosikirjoissa
• 79 artikkelia vertaisarvioiduissa sarjoissa ja toimitetuissa antologioissa
• 11 lukua kirjoissa ja artikkelia ensyklopedioissa
• 15 konferenssijulkaisua
• 10 muistokirjoitusta ja henkilökuvaa
• 44 arvostelua ja raporttia
• 13 artikkelia yliopisto- ja tutkimuspolitiikasta