Mikael Reuters främsta forskningsområde under tiden vid Helsingfors universitet och de närmaste åren efter det var svensk fonetik, med inriktning särskilt på Helsingforssvenskt uttal. Framför allt undersökte han vokalkvaliteten och kvantitetsförhållandena, dvs. språkljudens och stavelsernas längd. Forskningen resulterade bland annat i den opublicerade licentiatavhandlingen Kvantitet i Helsingforssvenskan 1982. Som assistent vid universitetet och gästande föreläsare i andra sammanhang undervisade han också främst i svensk fonetik och fonologi.

Sedan Reuter 1976 anställts vid Forskningscentralen för de inhemska språken har han inte sysslat med egentlig akademisk forskning, bortsett från det avslutande arbetet med licentiatavhandlingen. Däremot har han ägnat sig åt tillämpad forskning med inriktning på finlandssvenskans särdrag i förhållande till rikssvenskan.

I sin verksamhet vid svenska avdelningen inom Forskningscentralen (numera Institutet) för de inhemska språken har Reuter som ledande språkvårdare på olika sätt arbetat för att vårda och stärka svenskan i Finland, så att den också i fortsättningen kan användas i alla samhällsfunktioner. Språkvård handlar om mycket mer än bara språkriktighet och t.ex. undvikande av onödiga finlandismer, även om de frågorna är av stor betydelse särskilt för en språklig minoritetsvarietet som finlandssvenskan.

Viktiga sidor av verksamheten har även varit samarbete med olika målgrupper som journalister och översättare, utgivning av ordböcker, handböcker och tidskriften Språkbruk, skrivande av språkspalter, medverkan i olika kurser och seminarier och deltagande i nordiskt språksamarbete.