Juha Janhunen estudió originariamente lenguas urálicas y altaicas, así como japón, y posteriormente también geología y geofísica, entre otras cosas. Inició su trayectoria profesional en la Universidad de Helsinki en 1973 como asistente de la cátedra de Filología Finougria, y se doctoró en lenguas samoyedas en 1986. Desde 1994 ocupa la cátedra de Lenguas y Culturas de Asia Oriental, y en la actualidad es también responsable del programa de Estudios Asiáticos en el Departamento de Culturas del Mundo. Ya durante sus tiempos estudiantiles pasó temporadas prolongadas en Hungría y Japón, y también ha sido catedrático visitante en varias universidades e institutos de investigación japoneses.