Vaikka Elias Lönnrot oppi ruotsin kielen vasta koulussa, siitä tuli lopulta niin vahva, että hän käytti sitä runsaasti yksityiskirjeissään, päiväkirjansa kielenä ja viimeisinä vuosinaan myös kotikielenä. Lönnrot ei vastustanut ruotsin kielen käyttöä Suomessa, vaikka ajoikin suomen kielen asiaa laajentamalla konkreettisesti kielen käyttöalaa. Mieliä kuohuttaneessa kielikysymyksessä hän vetäytyi varsinaisten kiistojen ulkopuolelle. Hän oli yksi varhaisista rinnakkaiskielisyyden puolestapuhujista: jättäessään professorinviran vuonna 1862 hän piti kiitospuheen ylioppilaille ja otti tuolloin kantaa myös kielikysymykseen painottamalla, että suomen ja ruotsin rinnakkaiselo Suomessa oli onni kansakunnan sivistykselle ja tulevaisuudelle.

Lönnrotin kielinäkemys ei ollut vahvan puristinen kuten monien aikalaisten. Kehitellessään erikoisalasanastoja hän vältti lainasanoja, mutta suosi erilaisia käännöslainoja, joissa mukailtiin vieraan kielen mallia. Lainasanojen välttämistä hän perusteli sillä, että suomi kuuluu eri kielikuntaan kuin lainanantajakielinä toimivat indoeurooppalaiset kielet. Lönnrot kannatti suomen eri murteiden ja sukukielten hyödyntämistä sanastonkehittelyssä. Hän keskusteli kirjeenvaihdossaan paljon erikoisalasanastojen kääntämisestä, mm. maantieteestä, laskuopista ja kieliopista. Tällaisia keskusteluja hän kävi erityisesti toisen tuotteliaan sanasepän, Wolmar Schildt-Kilpisen, kanssa.